「信義と友愛」の旗印のもと、「是々非々」「不偏不党」を堅持し、政治的に中立の立場に立ち、高校・中等教育学校及び特別支援教育諸学校教職員の勤務条件の維持改善、教育諸条件の整備・充実を主要な課題として揚げています。
こうした方針のもと、ストライキなど実力行使を排し、文部科学省など関係機関との交渉や関係団体への要請行動など穏健な活動を展開しています。
なお、日高教は公務公共サービス労働組合協議会に加盟して全国の公務員の仲間と広く連携しています。

運動の柱

• 生活の向上と充実を図る運動
• 民主教育の確立と高校・中等教育学校及び特別支援学校における教育振興と充実を図る運動
• 身分の確立と権利の拡大を図る運動
• 平和と民主主義を守る運動
• 日高教組織の拡充を図る運動

定期大会、中央委員会など機関会議の決定に基づき、中央執行部が執行業務に当たります。
集会や研修会の開催にあたっては、賃対部、教財部、教文部が執行業務を支援します。
専門部として、女性部、特別支援教育部、現業職員部、定通部、実習教員部、学校図書館部、養護教員部、事務職員部、青年部の9専門部があり、多様な職種の意見を取り入れています。
2015年5月に個人を対象とした日高教全国ユニオンを設置しました。

日教組が小中学校偏重の組織運営を行っているとして、高校教職員が1950年4月8日、高校教職員の主体性確保と教職員給与の改善等を主張して日教組高校部を離脱し、全日本高等学校教職員組合（全高教）を結成しました。

その後、中立系高教組とも統一を前進させ、1956年5月10日に現在の日本高等学校教職員組合（日高教）と改めましたが、1962年2月の特別大会において、反主流派（麹町派）が主流派（一橋派）幹部の左翼傾向を批判し、その総退陣を求めたことを契機にして、我々日高教麹町派（当初14県、のち15県）と一橋派（13県）に分裂しました。

さらに、1969年に至り、麹町派傘下の大分県高教組、石川県高教組、岩手県高教組が離脱し、日教組に加入しました。
麹町派傘下の埼玉県高教組、茨城県高教組は解散しました。
山梨県高教組は、機関決定に反して県教組に同調してストライキを実施するなどの行動をとり脱退しています。

現在、福島、栃木、神奈川、徳島、愛媛、高知、島根、静岡の8県高教組で構成され、他に複数の教職員団体とも友好的に連携しています。